Gli abitanti conosciuti più in anticipo della zona della baia de San Francisco erano gli indiani di Ohlone. Gli Spagnoli erano in primo luogo conosciuti hanno esplorato la regione. Il sir inglese Francis Drake dell'esploratore ha navigato lungo il litorale californiano in 1579, ma non ha entrato nella baia de San Francisco. In 1776, i settlers spagnoli hanno stabilito un forte nella zona ed hanno dedicato la missione collegata alla st Francis di Assisi, San Francisco, da quale la città la ottiene è nome.
A seguito di indipendenza dalla Spagna in 1821, la zona si è trasformata in in zona del Messico. Non era fino al 1836 che una città è stata generata sul bordo della baia, fuori della zona della missione ed i settlers hanno cominciato ad essere attratti alla zona. In 1846, durante la guerra messico-americana, la città è stata esatta per gli Stati Uniti. Il 9 settembre 1850, la California si è trasformata in nella trentunesima dichiara dell'unione.
San Francisco si è sviluppata velocemente come conseguenza degli sbalzi dell'oro di 1848-49, dovuto la pletora di immigranti che sperano di colpirla ricca. La popolazione è aumentato da appena 1000 genti in 1848 - 25000 per la fine di 1849. Era il terminus per la prima ferrovia transcontinentale, permettendo mai a più gente di rendere il viaggio ad ovest alla ricerca delle loro fortune. Durante la seconda parte del diciannovesimo secolo, molti immigranti cinesi, fuggenti le guerre dell'oppio nel loro p#se d'origine, sono arrivato nella California ed hanno installato i ristoranti, i negozi e le lavanderie. Il primo degli automobili di cavo famosi della città è stato installato in via dell'argilla in 1873.
In 1906, la città ha sofferto da un terremoto severo, creduto per avere 7.8 misurati sulla scala di Richter. Il gas rotto convoglia grandi i fuochi bruciati ed iniziati, causanti quasi tanta distruzione quanto l'attività sismica e lascianti gli swathes della città in fiamme per tre giorni. Più di 80% della città è stato danneggiato o distrutto e fino ad un terzo di esso è il nomade dei residenti a sinistra. La ricostruzione della città era, tuttavia, veloce dovuto il rifornimento di aspettare del lavoro immigrato.
San Francisco non era come influenzata severamente dall'arresto di mercato azionario 1929 e dalla depressione grande seguente nei 1930s altretante altre città americane. Nessuna della banca della città è venuto a mancare ed era durante questo periodo che due di esso sono i più grandi progetti di ingegneria sono stati intrapresi; costruzione del ponticello della baia di San Francisco-Oakland e del ponticello del cancello dorato.
Durante la seconda guerra mondiale, il Mason forte si è trasformato in in un punto importante di imbarco per le truppe limitate per il Pacifico e l'aumento risultante dei lavori ha disegnato più gente alla città, specialmente Americani africani dal sud. Molti di questi nuovi arrivi hanno deciso rimanere nella California dopo la guerra.
Negli anni 60, il distretto di Haight-Ashbury si è trasformato in in un magnete per gli intellettuali, i radicali ed i hippies. Gli anni 70 hanno visto l'aumento del movimento di diritti del Gay e della creazione “di un villaggio gay„ nel distretto del Castro della città.